L'idea di realizzare un Museo di Scienze Planetarie ha preso forma verso la fine degli anni '90, quando la Provincia di Prato ha deciso di dare un forte impulso allo sviluppo della cultura scientifica nel territorio pratese partendo dalla valorizzazione delle competenze e delle realtà scientifiche locali. È stato così affidato all'Istituto Geofisico Toscano, un'istituzione di lunga e consolidata tradizione, l'incarico di progettare un museo che fosse, al contempo, legato al territorio e proiettato su uno scenario internazionale.
Il Museo, inaugurato il 19 Marzo 2005, ha sede all’interno di una struttura storica per il territorio pratese, l’ex caserma dei Vigili del Fuoco, risalente agli anni ’50 del secolo scorso. 
Oltre alla cura e alla conservazione delle collezioni, la finalità principale del Museo è quella di svolgere attività di divulgazione ed educazione scientifica su tematiche che vanno dalla planetologia all’astronomia e astrofisica, alle scienze della Terra. 
Il Museo svolge inoltre ricerca scientifica nell’ambito della meteoritica, in particolare sulla caratterizzazione e classificazione di nuove meteoriti e sulle rocce da impatto.